В 19 веке правителем Хивы был Саид Мухаммад Рахим Баходур-хан, который известен как Мадрахим-хан II. Это был образованный человек, хороший политик и дипломат, который покровительствовал ученым, и сам являлся поэтом. Его стихотворный труд и по сей день пользуется успехом, творческий псевдоним правителя - Феруз.
Под началом Мадрахим-хана в 1870 году началось строительство медресе. Строительство объекта было завершено через шесть лет. Благодаря Рахимхану, в Хиве появились первые печатные книги, он провел реформы образования, и новое медресе стало их продолжением. Оно состоит из 76 келий, внутренних дворов, классных комнат, библиотеки и мечетей. Несколько раз проводилась реконструкция здания, которое получило большие повреждения, когда хивинский народ оказывал сопротивление против войск Красной Армии. Правление Рахимхана закончилось в 1873 году.
Основательная реконструкция медресе была произведена после обретения независимости, в годы, когда туризм в Узбекистане стал развиваться большими темпами.
